Афинский музей Акрополя, в котором хранились декоративные фрагменты зданий Верхнего города, был открыт в 1874 году. Со временем коллекция так разрослась, что имеющихся залов и запасников не хватало для хранения объектов. Новое здание, значительно превышающее старое по размерам, нужно было расположить недалеко от Акрополя. Злоключения с проектом начались в 70-е годы ХХ века и длились до конца столетия: то греческие власти не могли найти подходящих архитекторов, то земельный участок не выдерживал никакой критики. Наконец, строители начали копать землю под фундамент и обнаружили новые археологические находки. Работы в этом месте были заморожены, пока архитекторы не предложили проект, не затрагивающий земельный слой.

Трехуровневый комплекс был открыт в 2009 году, в 300 м к югу от комплекса, рядом со станцией метро «Акрополь». Его цокольный этаж опирается на сотню колонн, а стеклянный пол позволяет любоваться раскопками, проходящими под ногами посетителей. Через стеклянные стены открывается фантастический вид на Акрополь. На нижнем этаже работает кафе, в двух уровнях – сувенирная лавка и книжный магазин.