Древняя синагога в заповеднике Эйн-Геди на Мертвом море была обнаружена в 1965 г. во время сельскохозяйственных работ. Позже здесь проводились археологические раскопки, которые позволили обнаружить следы древнего поселения и находки в виде предметов культа и быта. Синагога относится к римско-византийскому периоду, т.е. 5-6 вв. н.э. Однако был обнаружен и более древний фундамент, относящийся к 2 в. н.э. Скорее всего, на месте более старой синагоги со временем была построена новая. В датировке ученым помогла расшифровка письма жительницы поселения тех времен, относящегося к восстанию Бар-Кохбы в 131-135 гг. н.э.

Надписи на полу синагоги тоже раскрывают историю этого места. Среди сохранившихся надписей есть список поколений человечества с перечислением имен 14 праотцев. Сохранилась и благодарственная надпись с именами жертвователей на строительство синагоги, главы общины и названием поселения. Одна из надписей содержит угрозу: она сулит проклятие тому, кто раскроет секрет производства драгоценного бальзама, которым владели жители поселения. Это было благовонное масло растения афарсемон, которое ценилось в древности.

Сейчас сохранился только каменный фундамент синагоги и необычный мозаичный пол. Над ними воздвигнут современный шатер из светлой ткани, предохраняющий от разрушения и воздействия стихий. Пол украшен орнаментом с изображением птиц и растений. Один из участков отмечен изображением свастики, которая в древние времена не имела того зловещего смысла, который приобрела после Второй мировой войны. Кроме того, были обнаружены обозначения месяцев и знаков зодиака. После раскопок мозаика была отправлена на реставрацию, а затем возвращена на место в обновленном виде.

При посещении заповедника Эйн-Геди можно посетить остатки синагоги и полюбоваться сохранившимся мозаичным полом.